Στη είσοδο της πόλης και δίπλα στο κτίριο του Δημαρχείου λειτουργεί το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας στο κτίριο του παλιού Σιδηροδρομικού Σταθμού. Κατά τη διάρκεια του Α΄ Παγκόσμιου Πολέμου κατασκευάστηκε από συμμαχικά στρατεύματα το γνωστό τρένο της καρατζόβας με σκοπό να βοηθήσει τις μετακινήσεις και τον εφοδιασμό του Στρατού. Το έτος 2002 μετατρέπεται σε μουσείο Φυσικής Ιστορίας. Στις αίθουσές του εκτίθενται απολιθώματα που βρέθηκαν σε ανασκαφές στην Αλμωπία και άλλες περιοχές. Σημαντικά είναι τα εκθέματα απολιθωμένων οστών της Αρκούδας των Σπηλαίων που βρέθηκαν στα σπήλαια των Λουτρών. Στην αίθουσα φυτολογίας εκτίθενται φωτογραφίες και φυτά που ευδοκιμούν στη περιοχή της Αλμωπίας. Επίσης ο χώρος εμπλουτίζεται με ορυκτά και πετρώματα που προέρχονται από την Αλμωπία και άλλες περιοχές. Παραδοσιακές στολές της Αλμωπίας φυλάσσονται σε ειδική αίθουσα του μουσείου.